Hier war er als Privatdozent tätig. 1622 hielt er sich bei seinem Onkel in Lübeck auf, wo man während eines Spaziergangs auf dem Wall befürchtete, er wolle sich etwas antun. Der Onkel reiste daraufhin mit ihm nach Osnabrück, wo er wieder im elterlichen Haus lebte. Die Krankheit machte ihn „verdrossen und oft untüchtig“. Eine im Jahr 1624 angetretene Stelle als Hofmeister bei der Familie von Pogwisch in Neukloster verließ er bereits nach drei Wochen wieder. Wie so oft litt er an Melancholie und Schwermütigkeit und meinte zeitweilig, nicht sprechen oder schreiben zu können.

Im selben Jahr ging Jakob Varmeier nach Rostock und arbeitete als Advokat. Von September 1626 bis 1629 übernahm er eine Stelle als Sekretär am damals in Sternberg befindlichen Hof- und Landgericht. Obwohl man dort mit seiner Arbeit zufrieden war, ging er wieder nach Rostock zurück. In diese Zeit fiel seine Heirat mit Sophie, der Tochter des Universitätskanzlers Hajo von Nessen. Beide lebten im Haus der Schwiegermutter Anna von Nessen, Neuer Markt 34. Ein Bruder Jakob Varmeiers, der Jurist Theodor Varmeier, lebte ebenfalls in Rostock.

Während der Besatzung durch die kaiserlichen Truppen im Dreißigjährigen Krieg wurde der Obrist Heinrich Ludwig von Hatzfeld in diesem Haus einquartiert. Varmeier, seine Frau und Schwiegermutter mussten sich eine andere Wohnung suchen. Durch teilweise gleiche wissenschaftliche Interessen gelang es Jakob Varmeier, mit dem Obristen ein vertrauensvolles Verhältnis aufzubauen. Er besaß sogar die Erlaubnis, ihn unangemeldet zu besuchen. In der Nacht zum 20. Januar 1631 fasste Varmeier, vermutlich durch die Schrecken des Krieges beeindruckt und nach einer „Eingebung“, den Entschluss, als ein „von Gott Auserwählter“ den Obristen umzubringen. Vorbild seiner Wahnvorstellung war dabei die biblische Legende von Judit und Holofernes aus dem Buch Judit. Den Anfangsbuchstaben seines Vornamens Jakob und des Namens Hatzfeld auf Judith und Holofernes deutend, erblickte er darin eine göttliche Weisung, sein Vorhaben auszuführen. Die folgenden Tage verbrachte er mit Beten, Fasten und dem Verfassen einer Rechtfertigungsschrift, die er dem Prediger der Kirche des Heiligen-Geist-Hospitals übergab. Am 22. Januar 1631 begab sich Varmeier in der Frühe zum Haus des Obristen. Er führte ein Beil und eine Gardine mit sich. Später sagte er aus, dass er erwartet habe, wenn sein Vorhaben Gott nicht gefällig sein würde, einen Befehl von diesem zu bekommen. In diesem Fall hätte er die Gegenstände ins Wasser werfen können. Er wurde ohne Anmeldung eingelassen und erbat sich von Hatzfeldt die Unterschrift auf einigen Pässen. Während dieser schrieb, erschlug er ihn, trennte den Kopf ab, wickelte diesen in die mitgebrachte Gardine und verließ unbehelligt das Haus.